（一）辦公室。負責單位日常運轉及綜合協調工作；承擔政務信息、機要保密、應急管理、來信來訪、后勤服務等工作；負責黨建群團、機構編制、干部人事、教育培訓及離退休干部工作；負責黨風廉政、績效考核和作風效能建設等工作。
（二）財務科。負責編制全市基金預決算草案、財務統計報表；負責醫療保險、醫療救助、長期護理保險等結算費用的審核撥付及會計核算；負責基金運行的統計分析、預測預警；負責本單位行政經費的支付、管理及會計核算。
（三）基金結算科。參與研究、草擬醫療、生育、長期護理保險費用結算管理辦法及實施細則；負責定點醫藥機構醫療費用總量指標的管理工作；負責醫療、生育、長期護理、補充商業保險費用結算管理工作，負責醫保目錄維護管理工作；協助推進醫保支付方式改革；負責異地就醫聯網劃卡醫療費用的結算工作；負責醫療救助專項資金的結算工作。
（四）稽核科。負責對定點單位、醫保醫師、醫保服務及參保人員社保卡使用情況進行監督、檢查，依據協議對違反醫保政策、服務協議行為進行查處；負責對醫保服務數據進行監控、篩查和分析；負責開展大額醫療費用評審工作；負責對涉及醫保舉報投訴的受理和查處。
（五）醫療管理科。參與醫保政策待遇調整的調研、文件修訂等相關工作；負責相關單位申請納入協議管理及日常管理、相關編碼信息維護等工作；負責定點單位誠信等級管理工作；負責醫保醫師管理工作；負責定點單位考核工作；受理本市定點醫藥機構納入異地就醫申請；負責協調商業補充醫療保險的組織實施及日常考核管理。配合全市醫療保障信息化建設實施；承擔醫療保障信息系統及網絡運維管理；負責全市醫療保障數據管理、網絡信息安全、信息突發事件處置。
（六）參保業務科。負責職工基本醫療保險（生育保險）、居民醫療保險、長期護理保險以及公務員醫療補助、醫療救助對象等各類醫療保障的參保管理；負責參保單位和個人基本信息登記、繳費基數審核、個人權益記錄管理；承擔基本醫療保險關系轉移接續；核定各項保險繳費年限；負責建立個人醫療賬戶；負責對參保繳費情況組織監督檢查；承辦窗口業務下沉醫院、鎮（園區）的相關工作；負責相關醫療保障業務窗口服務工作。
（七）醫療服務科。負責各類參保人員的待遇（零星報銷）業務；負責門診特定項目、特藥等待遇審核登記及相關經辦管理工作；負責生育津貼等待遇的審核發放工作；負責牽頭落實國家、省異地就醫政策，負責異地就醫經辦管理；負責異地就醫結算相關平臺管理對接，協調解決異地就醫各類問題；協助稽核部門做好醫療保險監督稽核工作；承辦窗口業務下沉醫院、鎮（園區）的相關工作。負責相關醫療保障業務窗口服務工作。
（八）長期照護保險科。負責貫徹落實長期護理保險政策；負責長期護理保險基金運行情況的統計與分析工作；加強照護定點機構、第三方經辦機構管理、考核與指導，負責長期護理保險待遇業務經辦管理。
（九）審計科（檔案管理科）。負責牽頭完善醫療保障經辦業務操作規范；建立健全經辦業務風險管理制度；組織實施內部審計和第三方服務審計工作；負責醫療保障經辦業務內控管理和規范化檢查等基本醫療保障內控管理相關工作。負責檔案管理工作，接收、整理、分類、鑒定、保管、統計、利用各類檔案及有關資料；負責檔案數字化、網絡化等現代化建設與管理工作；負責組織檔案的鑒定銷毀工作。