市水務局負責貫徹落實中央關于水利工作的方針政策和省委、南通市委、啟東市委的決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對水利工作的集中統一領導。主要職責是：
（一）貫徹執行黨和國家有關水利方面的方針政策、法律法規以及省、南通市和啟東市決策部署，擬訂全市水利工作的發展戰略和政策措施并監督實施。
（二）負責保障水資源的合理開發利用。編制全市水資源規劃和區域水利綜合規劃、防洪規劃、水土保持等水利規劃。編制全市水域及其岸線利用、主要河道治理和河口控制等專業（項）規劃。對有關國民經濟和社會發展規劃、城鄉總體規劃、國土空間規劃中的涉水內容提出意見建議，組織開展重大建設項目的水資源、防洪、水土保持論證評價工作。
（三）負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌和保障。組織實施最嚴格水資源管理制度，實施水資源的統一監督管理，擬訂全市水中長期供求規劃、水量分配方案并監督實施。負責重點水利工程的水資源調度。組織實施取水（含礦泉水、地熱水）許可、水資源論證制度，指導開展水資源有償使用工作。指導水利行業供水、排水和再生水利用工作。
（四）負責水資源保護工作。組織編制并實施水資源保護規劃。指導飲用水水源保護有關工作，按規定組織飲用水源地設置論證工作。組織地下水開發利用和地下水資源管理保護。組織地下水超采區綜合治理。對主要河道和地下水實施監測，發布水資源公報。按規定組織開展水資源調查評價和水資源承載能力監測預警工作。
（五）負責節約用水工作。擬訂節約用水政策，組織編制節約用水規劃。組織實施用水總量控制等管理制度，指導和推動全市節水型社會建設工作。牽頭節水型城市創建工作。
（六）組織指導市水利固定資產投資計劃和資金監督管理工作。負責本級財政性水利資金的計劃、使用、管理及審計監督。研究提出有關水利的價格、收費、信貸、財務等方面的意見。
（七）組織實施重點水利工程建設和質量監督。組織指導水利基礎設施網絡建設，組織指導實施全市重要水利工程建設。指導水利建設市場的監督管理。編制、審查重點水利基本建設項目建議書和可行性報告。負責全市水利工程建設質量監督工作。依法負責水利行業安全生產工作。
（八）負責河道水域及其岸線的管理、保護與綜合利用。負責主要河道、河口的治理、開發和保護。組織指導河道水生態保護與修復、河道生態流量水量管理以及河道水系連通工作。
（九）組織指導水利設施的管理與保護。組織編制水利工程運行調度規程，組織指導水庫、泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權劃界。負責市屬水利工程的運行管理。
（十）指導農村水利工作。組織開展大中型灌排工程建設與改造。組織指導各鎮供排水、農村河道疏浚整治、農村水利橋梁等工程建設與管理工作；指導農村飲水安全、節水灌溉有關工作。指導農村水利改革創新和社會化服務體系建設。牽頭負責農村水環境治理工作，推進農村河道整治工作。
（十一）組織指導水土保持工作。組織編制水土保持規劃并監督實施，指導水土流失綜合防治、監測預報并定期公告。指導生產建設項目水土保持監督管理工作。指導市重點水土保持建設項目的實施。
（十二）負責水旱災害防御及水量調度工作。組織編制洪水干旱災害防治規劃和防護標準并指導實施。承擔水情旱情監測研判預警工作。組織編制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱災調度及應急水量調度方案，按程序報批并組織實施。承擔防御洪水應急搶險的技術支撐工作。承擔臺風防御期間水工程調度工作。
（十三）負責三峽移民管理工作。貫徹落實三峽移民有關政策，負責三峽移民后期扶持政策的實施。
（十四）負責水利科學技術研究和推廣工作，組織全市水利行業技術標準、規程規范的實施，組織開展水利信息化工作和水利行業對外技術合作與交流工作。
（十五）負責查處重大涉水違法事件，協調和仲裁跨區鎮的水事矛盾糾紛。負責水利行政許可、水政監察、水行政執法和普法宣傳工作。負責全市河道采砂管理和監督檢查工作。
（十六）承擔市河長制工作領導小組日常工作。
（十七）承辦市委、市政府交辦的其他事項。
（十八）職能轉變。加強水資源的合理利用、優化配置和節約保護。堅持節水優先，從增加供給轉向更加重視需求管理，嚴格控制用水總量和提高用水效率。堅持統籌兼顧，保障合理用水需求和水資源的可持續利用。加強水域和水利工程的管理保護，加強長江啟東段水域及其岸線管理與保護工作。