市水務局設下列7個內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，負責黨建、紀檢、宣傳、安全、信息、政務公開等工作；負責機關及所屬單位的干部人事、機構編制、隊伍建設、勞動工資、教育培訓、績效管理等工作；指導全市水利系統人才工作和職工隊伍建設；負責離退休干部工作。
（二）財務審計科。指導水利系統財務會計和系統內審計工作；負責編制市級水利部門預算并監督執行；負責市級水利資金的使用及監督管理；負責市級水利國有資產的監督管理工作；提出有關水利的價格、收費、信貸的建議；負責所屬事業單位財務管理、系統內審計和領導干部的任期經濟責任審計工作。
（三）工程管理科（規劃科、質量監督科）。擬訂全市水利發展規劃，組織編制區域水利綜合規劃、專業規劃、專項規劃并監督實施；擬定市級水利固定資產投資計劃；組織指導有關防洪論證工作；編制、審查大中型水利建設項目建議書、可行性研究報告；組織實施省下達的水利建設投資計劃，承擔水利統計工作；組織指導市水利重點工程項目的初步設計及概算；組織指導全市水利基本建設管理工作，負責市重點水利工程建設項目法人及招投標活動的監督管理；組織指導全市水利工程建設；負責市重點水利工程建設的驗收；組織指導水利建設市場的監督管理和水利建設市場信用體系建設；督促檢查水利重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況；組織實施水利工程質量和安全監督；承擔水利行業安全生產監督管理工作；組織或參與制定水利行業安全管理規程規范；指導市屬水利工程管理單位、重點建設項目的安全監管；組織重大水利安全生產事故的調查處理；組織指導水旱災害防御和水量調度工作；組織編制洪水干旱災害防治規劃和防護標準并指導實施；編制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱災調度及應急水量調度方案，按程序報批并組織實施；承擔水情旱情監測研判預警工作；承擔防御洪水應急搶險的技術支撐工作；承擔臺風防御期間重要水工程調度工作；組織指導全市水利設施的管理、保護和綜合利用；組織指導監督跨區域調水工程的調度管理等工作；負責市屬水利工程的運行管理；組織編制水利工程運行調度規程，指導水庫、泵站、堤防、水閘等水利工程的運行管理與確權劃界；組織指導城市防洪和水利工程的運行管理；組織實施引江調水等工作；負責全市水域及其岸線的管理和保護，負責流域和區域主要河道、水庫及河口的開發、治理和保護；組織指導河道水生態保護與修復以及河道水系連通工作；會同相關部門指導全市河道保護規劃編制工作；負責河道采砂規劃和計劃的編制并監督實施。
（四）政策法規科（行政服務科、水資源管理科）。負責擬訂全市水利法制建設規劃、計劃并組織實施；負責規范性文件的合法性審查、備案并監督實施；組織開展有關水利改革與發展的政策研究；負責法治水利建設和依法行政工作；指導全市水政監察和水行政執法工作；負責水利系統法治宣傳教育和普法宣傳工作；承辦行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；負責洪水影響評價類、取水許可及生產建設項目水土保持方案、河道采砂及管理范圍內從事有關活動、水利項目設計文件審查等行政審批工作，并限時辦結；負責辦理12345熱線工作；承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作，指導開展水資源有償使用工作；組織水資源承載能力監測預警工作；組織編制并發布市水資源公報；指導水量分配工作并監督實施，組織指導河道生態流量水量管理；組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護有關工作，按規定組織飲用水源地設置論證工作；負責地下水開發利用和地下水資源管理和保護，組織指導地下水超采區綜合治理；參與編制水功能區劃和指導入河排污口設置管理工作；指導水利行業供水、排水和再生水利用工作；指導雨洪資源利用的工程建設與管理；擬訂節約用水政策，組織編制并協調實施節約用水規劃，擬訂行業用水標準并監督實施；組織指導計劃用水、節約用水工作；組織實施用水總量、用水效率控制和定額管理制度；組織指導和推動全市節水型社會建設工作；承擔節水型城市創建有關工作；會同相關部門指導農業節水工作；指導城市污水處理回用等非常規水源開發利用工作；承擔三峽移民領導小組辦公室日常工作，負責三峽移民管理工作，負責三峽移民后期扶持政策實施工作。
（五）農村水利與水土保持科。組織指導鄉鎮供排水、農村河道疏浚整治、農村水利橋梁等工程建設管理工作；指導農村飲水安全、節水灌溉有關工作；指導農村水利社會化服務體系建設；指導全市水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持規劃并監督實施，負責水土流失監測、預報并公告；組織編制水利科技、水利信息化發展規劃；負責水利科技項目和科技成果管理工作，組織水利科學技術研究、技術引進和技術推廣；組織指導全市水利行業技術標準、規程規范的實施；指導水利科技和水利信息化工作；負責水利行業對外合作與交流工作。
（六）河長制工作科。承擔市河長制工作領導小組辦公室的日常工作；組織擬訂推行河長制工作制度，編制工作計劃和考核目標；向市級河長提出工作建議，落實市級河長確定的事項；對河長制工作落實情況進行檢查、督查、考核；協調督導河長制工作重點事項和問題。
（七）安全生產監管科。牽頭擬訂本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃;指導本部門、本行業安全生產綜合監管工作;組織開展本部門、本行業安全檢査和專項檢査;參與各類安全生產事故調查工作;綜合協調本部門、本行業安全生產工作等。