市農業農村局設下列內設機構：
（一）市委農辦綜合科（發展規劃科）。承擔市委農辦的日常工作；承擔綜合報告、新聞宣傳、重要文稿和指導“三農”工作重要文件的起草工作；組織開展鄉村振興相關重大問題和政策調查研究，提出工作建議；承擔市委農村工作領導小組重要會議活動的協調保障和組織服務工作；起草農業農村經濟發展戰略、中長期發展規劃；組織編制、審核行業（系統）發展專項規劃；組織農業資源區劃工作，指導農業區域協調發展。
（二）市委農辦督查考核科（農村社會事業促進科）。負責落實市委農村工作領導小組對全市農業農村有關重點工作的綜合考核；承擔協調督促檢查有關方面落實市委農村工作領導小組決定事項、工作部署和要求等工作；負責局重要事項的督辦工作；開展農村社會事業重大問題研究；統籌協調鄉村振興和農村人居環境整治等有關工作；提出改善農村人居環境和推動農村社會事業發展、農村公共服務體系和基礎設施建設的政策建議，并推動實施；承擔改善農村人居環境，指導村莊整治、村容村貌提升、美麗鄉村建設等有關具體工作；指導農村精神文明和優秀農耕文化建設。
（三）辦公室。負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作；牽頭協調局系統和農業行業安全生產；組織指導全市農民體育運動。
（四）人事科。承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資和教育培訓工作；指導全市農業農村人才隊伍建設。
（五）法規科（行政服務科、執法監督科）。承擔規范性文件的合法性審查，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作；組織開展普法宣傳；指導農業農村法治建設；組織開展農業領域“放管服”改革、權責清單制度建設工作，清理規范行政許可事項，負責行政審批綜合辦公業務管理工作；負責種子、肥料、農藥、獸藥、飼料及飼料添加劑、農機、漁業等有關行政審批事務。
（六）政策與改革科（農村合作經濟指導科）。提出鞏固完善農村基本經營制度的政策建議；承擔農民承包地、農村宅基地改革和管理及農村集體產權制度改革工作；指導農村土地承包經營糾紛調解和仲裁工作；指導宅基地分配、使用、流轉、糾紛仲裁管理和宅基地合理布局、用地標準、違法用地查處，指導閑置宅基地和閑置農房利用；提出農業農村改革發展相關政策建議；承擔全面深化農村改革和農村改革試驗區建設管理工作；研究提出促進農民增收的政策建議，協調推進農民增收有關工作；監督減輕農民負擔和村民“一事一議”籌資籌勞管理；協調推進鄉村治理體系建設；指導農村集體資產和財務管理、農民合作經濟組織和農業社會化服務體系建設；負責農村產權流轉交易市場的指導、協調和服務工作；培育農村新型農業經營主體，完善新型農業經營體系和發展多種形式適度規模經營；負責農經統計有關工作；市農業農村局負責指導農村集體經濟組織成員身份確認；負責被征地農民名單的確定；負責征收土地過程中承包土地政策解釋、糾紛調處和征后農戶間土地小調整的指導。
（七）計劃財務審計科。負責局機關及所屬事業單位財務核算、內部審計工作；提出扶持農業農村發展的財政政策和項目建議；提出農業投資規模、方向的建議并監督實施；編報部門預算并組織執行；參與農村金融、農業保險的政策制定；組織提出農業生產救災資金安排建議；協助做好農業補貼相關工作；指導監督局系統國有資產和政府采購管理工作；組織開展系統財政支農項目資金審計監督，指導全市農業農村系統內部審計工作。
（八）鄉村產業發展科（市場與信息化科）。擬訂鄉村產業、農產品加工業、休閑農業和農業產業化發展的政策措施并組織實施；推動農村一二三產業融合發展；指導和監測農業產業化重點龍頭企業發展；指導開展農村創業創新工作。編制農業農村經濟信息體系建設規劃并組織實施；提出大宗農產品市場體系建設建議；承擔農業品牌建設有關工作；組織開展農產品和農業生產資料供求、價格分析和監測預警；指導農產品營銷促銷工作；發布農業農村經濟信息，指導農業信息服務；承擔農業統計和農業農村信息化有關工作；負責局系統涉外事務的組織、審核、報批，協調指導農業農村系統對外交流合作事務；負責農業國際貿易、農業利用外資的指導管理；指導農業“走出去”工作，協助組織實施農業援外項目；負責農業對外合作載體建設和開放型農業項目的指導管理。
（九）種植業與科技教育科。擬訂種植業發展政策、規劃；指導糧食蔬菜園藝作物生產、種植業結構和布局調整及標準化生產工作；發布農情信息；組織實施種植業發展重大技術措施和農作物重大病蟲害防治有關工作；負責發展節水農業、設施農業、抗災救災、植物檢疫相關工作；承擔肥料有關監督管理以及農藥生產、經營和質量監督管理，指導農藥科學合理使用；指導現代農業產業園區建設與管理工作。管理農業科技成果，指導農業科研、技術引進、成果轉化和技術推廣工作，推動產業技術體系、農技推廣體系建設；監督管理農業轉基因生物安全；指導農村可再生能源開發利用、節能減排、農業清潔生產和生態循環農業建設；承擔推動農業綠色發展有關工作；指導農業教育和職業農民培育；擬訂農作物和畜禽種業發展政策、規劃；擬訂農作物、畜禽遺傳改良計劃，組織開展良種重大科技聯合攻關，構建種業產學研融合創新體系；組織實施農作物種質資源、畜禽遺傳資源保護和管理；承擔農業植物新品種保護工作；監督管理農作物種子、種苗；組織抗災救災和備荒種子的儲備、調撥；承擔外來物種管理相關工作。
（十）農產品質量安全監管科。組織實施農產品質量安全監督管理有關工作；指導農產品質量安全監管體系、檢驗檢測體系和信用體系建設；承擔農產品質量安全標準、監測、追溯、風險評估等相關工作；承擔農產品質量安全突發事件應急處置具體工作。
（十一）畜牧獸醫科（重大動物疫病防控辦公室）。擬訂畜牧業、飼料業、畜禽屠宰行業、獸醫事業發展政策和規劃；監督管理獸醫醫政、獸藥及獸醫器械；指導畜牧業結構調整；指導畜禽糞污資源化利用；監督管理畜禽屠宰、飼料及其添加劑、生鮮乳生產收購環節質量安全；組織實施動物防疫檢疫工作；承擔獸藥及獸用生物制品安全管理和出入境動物檢疫有關工作；負責建立完善重大動物疫情監測預警系統；組織開展有關突發重大動物疫情應急知識和處置技術的培訓；組織開展重大動物疫情應急響應，指導各地做好重大動物疫病應急處置工作。
（十二）漁業科。擬訂漁業發展政策、規劃；保護和合理開發利用漁業資源，指導水產健康養殖和水產品加工流通，組織水生動植物病害防控；組織漁業水域生態環境及水生野生動植物保護。
（十三）漁政監督管理科（禁捕退捕科）。指導漁政漁港監督、漁業船舶管理等工作；組織實施中日、中韓等漁業協定，協助重大涉外漁業事件處置工作，負責遠洋漁業管理和發展工作；負責漁業安全生產監督管理和防災減災工作；協調處理海洋、長江等水域的漁業安全搜救工作和漁業安全重大突發事件；承擔漁業船舶檢驗和監督管理職責；負責轄區內禁捕退捕相關政策宣傳工作；負責轄區內禁捕退捕統計調查工作;負責禁捕退捕重大任務督促落實及專項任務的統籌協調工作;內陸水域捕撈許可證的回收注銷工作;督促做好船網回收處置工作。
（十四）農機發展監管科。指導農業機械化發展，擬訂全市農業機械化發展規劃并組織實施；組織提出農業機械化、農用航空等發展的政策建議；組織實施農機購置補貼政策；組織農業機械展示展覽和業務交流；承擔農業機械化技術和裝備發展工作；提出農機裝備的技術規范和發展要求；組織種植業、養殖業和設施農業的機械化技術創新和推廣應用；組織實施秸稈機械化還田作業補助政策。負責農機安全生產監督管理工作，組織農機安全監理；指導和監督道路外農機違法行為查處、事故處理和應急管理工作；組織實施農機具報廢更新；負責全市農機維修行業管理、試驗鑒定與質量監督、農機行業職業技能培訓等工作。
（十五）農田建設管理科（耕地質量科）。提出農田建設項目需求建議；承擔高標準農田建設項目、農田整治項目、農田水利建設項目管理工作；組織開展節水農業灌溉工程項目建設；擬訂農田建設技術標準和規范；組織實施和管理農業綜合開發項目；擬訂全市灘涂農業圍墾開發項目的中長期規劃和年度計劃，對農業圍墾開發項目實施行業管理；參與開展永久基本農田保護；承擔耕地質量管理相關工作；指導劃定農業產品禁止生產區域。
（十六）農業項目建設監督評價科。提出農業項目建設監督評價指標；組織督查農業項目建設及建后管護工作；組織開展農業項目建設竣工驗收；承擔農業項目建設績效評價工作。
（十七）扶貧工作科。擬訂全市扶貧開發項目規劃和年度計劃并組織實施；負責擬訂財政專項扶貧項目管理辦法，指導項目實施；協調擬訂財政專項扶貧資金分配方案，加強扶貧資金監管；負責推進完善扶貧開發協調機制；負責督查精準扶貧精準脫貧工作機制的落實，組織開展脫貧攻堅工作成效的考評；指導扶貧統計監測和建檔立卡工作；負責全市扶貧開發宣傳、培訓和信息化建設等工作。
（十八）沿江沿海安全管理科。沿江沿海安全管理科的主要職責為:承擔沿江沿海安全領導小組辦公室日常工作；具體落實組織制定沿江沿海安全管理制度工作；指導區鎮沿江沿海安全管理；協調成員單位組織開展對區鎮沿江沿海安全監管相關事宜；協調處理沿江沿海水域漁業安全搜救和突發事件。
（十九）安全生產監管科。安全生產監管科的主要職責為牽頭擬訂本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；指導本部門、本行業安全生產綜合監管工作；組織開展本部門、本行業安全檢查和專項檢查；參與各類安全生產事故調查工作；綜合協調本部門、本行業安全生產工作等。
機關黨總支。負責機關黨的建設工作。