（一）辦公室（市國防動員委員會科技動員辦公室、政策法規科、安全生產監管科）。負責機關日常運轉，承擔全局性會議組織、重要文件起草、機關文電處理、文書檔案管理、辦公自動化建設等工作；承擔信息、安全、保密、信訪、宣傳、接待、政務公開、督查督辦、干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓、日常考核、離退休干部等工作；負責機關黨建、黨風廉政建設工作；負責機關及所屬事業單位經費預決算、財務管理、資產賬務管理工作；承擔市國防動員委員會科技動員辦公室的日常工作和科技擁軍工作；承擔科技相關規范性文件的合法性審查、行政復議、行政應訴等工作；擬訂本部門、本行業落實安全生產責任制和相關法律法規的工作規劃；指導本部門、本行業安全生產綜合監管工作；組織開展本部門、本行業安全檢查和專項檢查；參與各類安全生產事故調查工作；綜合協調本部門、本行業安全生產工作；聯系產業安全生產工作等。
（二）高新技術科（創新發展科）。負責推進區域創新和創新型城市建設工作，指導創新型區鎮建設；承擔區域科技創新體系建設工作，負責全市高新技術產業開發區建設指導管理和協調服務；負責推進南通沿江科創帶建設，協調全市科創項目引進培育工作；組織擬訂全市科技創新發展規劃和年度計劃，全市高新技術發展及其產業化的計劃和政策、牽頭擬訂市本級科技計劃項目，制定市科技計劃項目管理辦法并協調實施；負責市本級科技發展資金的預決算和統籌安排，并配合有關部門對科技發展資金使用監督檢查、審計和績效評價；負責高新技術企業、技術先進性服務企業、科技創新型企業、民營科技企業等的組織申報和管理工作；組織實施省科技型創業企業孵育計劃、高新技術企業培育資金等項目；扎口管理國家、省、市相關科技計劃項目的申報和實施；負責科技統計、科技對口支援工作；協調科技軍民融合發展相關工作；牽頭全市科技體制改革和市科技工作綜合考核工作；組織開展科技評估和監督檢查、科研誠信建設工作；承擔科技政策的培訓和落實成效統計分析工作；組織實施軟科學研究、全市科學普及、高新技術特色產業基地建設；組織開展科技企業孵化器及眾創空間推薦和管理工作；推動科技創新創業投融資體系建設，承擔推進科技與金融結合相關工作；牽頭組織設立制造業產業技術創新戰略聯盟。
（三）科技成果科（科研機構科）。負責擬訂產學研協同創新計劃和政策，組織全市性產學研對接活動；負責全市科技合作工作，推動長三角區域科技合作，牽頭對接上海科技創新工作；擬訂科技成果產業化及產業技術創新、科技知識產權創造政策和措施并組織實施；負責省級以上科技成果轉化資金項目計劃的組織推薦和協助管理工作；負責全市科學技術獎勵、外國專家獎勵及社會力量設立科學技術獎等管理工作；擬訂科技成果登記、評價、獎勵、保密、推廣的管理辦法并組織實施；負責啟東市科技興市功臣的評審組織工作；負責科技社團、科技行業協會等相關管理工作；提出科技人才隊伍建設規劃和政策建議，參與相關人才計劃實施工作；承擔科技安全和科技保密相關工作；負責落實市科技基礎設施、平臺建設計劃，重點實驗室、技術創新中心等創新能力建設的支持政策；負責國家和省相關科技計劃項目組織推薦和扎口管理；負責高層次科研院所引進工作；指導推進新型研發機構建設；擬訂科技服務業發展規劃和政策；承擔全市技術轉移機構建設；承擔全市技術轉移體系工作，推動科技服務業、技術市場和科技中介組織發展；負責全市大眾創業萬眾創新工作，指導開展“雙創”活動；負責科研技術裝備、實驗動物管理工作；聯系沿海開發科技工作。負責綜合管理全市引進國外智力和外國專家工作，擬訂引進國外智力和外國專家規劃、政策、計劃并組織實施；推動建立重點外國專家、團隊吸引集聚聯系服務機制；擬訂出國（境）培訓規劃、政策和年度計劃并監督實施；承擔外國人來我市工作、外國高端人才資質管理和服務保障；牽頭科技國際合作，擬訂國際科技合作交流的政策和措施并推動落實。
（四）農村科技與社會發展科。擬訂和組織實施科技促進農業農村、社會發展的規劃和政策，編制和組織實施市農業、社會發展類科技支撐計劃，并負責組織實施相關政策；負責國家、省、南通市對應的科技計劃項目的組織推薦和協助管理工作，推動重大關鍵技術攻關；組織實施現代農業科技創新工作，指導農業科技載體以及農業科技示范推廣基地的建設；指導農業科技特色產業培育，負責科技特派員、科技扶貧工作，推動農業、農村科技進步和農村科技社會化服務體系建設；推動綠色技術創新和生態環境保護，開展科技應對氣候變化工作；組織實施涉及資源環境、人口健康、公共安全、可持續發展綜合實驗區以及其他社會事業領域的科技工作；擬訂基礎研究計劃和政策，組織申報國家、省基礎研究（自然科學基金）計劃。
（五）科技招商科。負責全市科技招商工作的統籌、協調、督查、考核等工作；負責擬定科技招商優惠政策和獎勵兌現落實工作，宣傳推介全市科技產業政策和投資環境；承接對外科技招商咨詢和接待工作；負責推進科技型企業招引，摸排科技創新創業資源；負責科創項目招引洽談、前置審查工作；引進高科技含量項目、高新技術企業、高端科創平臺、高水平科研機構，加快發展高新技術產業；招引國內外企業和科創團隊來啟投資創業，興辦實體；招引從事高新技術產品研發、制造、服務等創新能力強和具有高成長潛力的科技型中小企業、高新技術企業、重點產業鏈上下游配套科技企業；負責科技招商中介等機構的聯系和協調服務工作，對接科技風投、創投機構等專業投資機構招引科創項目，實現科創項目落地；對接國家級科研院所和重點高校科研成果，進行項目孵化，促進成果轉化與落地；組織、參與指導鄉鎮（街道）、園區科創項目的推介、跟蹤、服務等工作。