市財政局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、會議、機要、督查督辦、信息、宣傳、檔案、安全保密、信訪、政務公開等工作；圍繞市委市政府重大決策部署，牽頭對全市財政運行和改革發展中的重點問題開展工作調研并提出相關政策建議；承擔綜合性文稿起草工作；承擔機關財務、后勤保障、政府采購、國有資產管理等工作；指導所屬事業單位財務、政府采購、國有資產管理等工作；承擔機關及所屬事業單位干部人事、機構編制、勞動工資等工作；指導全市財政系統人才隊伍建設和教育培訓工作；組織年度績效考核工作；負責市“金財工程”相關工作；參與編制智慧城市項目和政府投入信息化項目計劃；承擔局機關信息化建設和信息安全工作；負責局機關局域網和辦公自動化系統、局門戶網站的建設和維護；負責局機關信息化的宣傳、教育和培訓工作；負責離退休干部工作。
（二）預算科。擬訂財政支持經濟社會發展的政策措施；研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政發展規劃的建議；擬定預算考核有關辦法，組織預算分析預測；擬定財政收入政策和市級支出預算管理辦法，組織編制年度市級預算草案和市級預算調整草案，辦理預算調整事項；匯總年度全市預算，組織開展市級部門預算審核、批復；承擔市本級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；提出增收節支和平衡財政收支的政策措施與建議；牽頭編制市本級基本建設資金預算、政府性基金預算；負責市本級預算指標的管理；承擔市財政與省財政結算、鎮（園區）財政轉移支付和結算工作；牽頭組織預決算公開工作；貫徹落實稅收減免、退稅、稅收返還有關工作；負責關稅稅政管理有關工作。
（三）國庫科。擬訂國庫管理和國庫集中收付制度并組織實施，指導和監督國家金庫啟東市支庫業務；實施市級預算執行管理工作，實施動態監控；管理財政和預算單位賬戶，管理國庫和財政專戶資金；組織編制財政總決算、部門決算和政府財務報告；實施總預算會計管理，負責市級財政資金的核算、管理和調度；負責綜合性財政統計工作；負責財政審計相關工作。
（四）綜合科（行政服務科）。研究提出社會收入分配政策建議；擬訂全市非稅收入政策，承擔政府性基金、行政事業性收費管理相關工作；負責管理財政票據；負責房地產各項規費的退還工作；參與市住房公積金運營監管工作；參與住房保障政策研究及政策性補貼的審核發放工作；會同有關部門擬訂國有土地、海域海島、礦產等國有資源收入政策，參與國有土地、海域海島、礦產等國有資源使用政策研究和制度改革；承擔全市土地出讓金管理工作；協助監管彩票市場，按規定管理彩票公益金; 承擔財政、財務、會計等方面行政審批事項工作，并限時辦結；負責與市行政審批局的協調對接，負責進駐市行政審批局窗口人員的業務培訓。
（五）經濟建設科。承擔發展改革、住房城鄉建設、交通、生態環境、城市管理、科技、市場監管等方面的部門預算、財政監督、會計管理、績效管理、資產管理等有關工作；擬訂公共交通運營補貼政策并負責財政性資金管理；擬訂城市建設管養體制；負責市級城市建設項目庫的建設；負責市區城市水利基本建設資金的管理；擬訂實施促進地方金融業發展和引導金融支持實體經濟的財政政策；實施普惠金融政策；參與擬訂地方金融發展、監管、改革等相關政策；承擔農業保險相關管理工作；承擔擔保與再擔保業務的資產、財務監督管理；負責全市道路交通事故社會救助基金管理工作；擬訂支持政府投資基金發展的財政政策和管理制度；研究提出市級政府投資基金發起、設立或者參與各類政府投資基金的計劃和方案；承擔市級政府投資基金的管理工作；對全市政府投資基金工作進行指導和信息統計；參與擬訂生態環境領域發展規劃和政策；擬訂支持生態環境保護與治理等相關財政政策并組織實施；承擔市級生態建設專項資金管理工作；參與擬訂經濟運行、產業結構調整等方面規劃和政策；擬訂財政支持產業、促進內外貿發展、保障市場監管和促進軍民融合的財政政策；承擔產業轉型升級專項資金管理工作；監督管理糧食等專項政策性補貼和儲備資金的使用；負責鐵路、港口、機場等重大基礎設施建設的財政性資金管理；擬訂公共交通運營補貼政策并負責財政性資金管理。
（六）行財社保科。承擔教育、民政、衛生健康等有關部門年度部門預算、財政監督、會計管理、績效管理、資產管理的相關工作；擬訂行政事業性經費的財務管理制度，提出需要統一規定的開支標準和定額；貫徹執行國家政法經費保障政策制度，擬訂地方配套政策并組織實施；承擔教育、社會保障、醫療衛生、文化發展等專項資金管理工作；承擔人才專項資金管理工作；審核和匯總編制全市社會保險基金預決算草案；承擔市級社會保障資金（基金）財政監管工作；參與事業單位分類改革和績效工資管理工作；參與養老保險基金和職業年金的委托投資運行工作；承擔財政預算內黨政機關、事業單位和群眾團體的因公出國（境）經費與非貿易外匯管理；承擔全市統一著裝管理工作。
（七）農業農村科。承擔農業農村、水利、扶貧等方面的部門預算、財政監督、會計管理、績效管理、資產管理等有關工作；研究提出財政支持農業農村發展與改革的政策建議；擬訂財政支農資金管理制度；擬訂支持自然資源和國土空間管理、應對氣候變化等相關財政政策并組織實施；參與擬訂自然資源發展規劃和政策；貫徹執行農業、水利行業財務管理制度。牽頭承擔財政支持實施鄉村振興戰略相關工作，承擔鄉村振興發展專項資金管理工作；統籌管理財政扶貧資金；參與編制市農業綜合開發規劃和年度計劃，負責農業綜合開發項目資金和財務的管理；指導全市鎮（園區）財政建設工作。
（八）會計科。管理全市會計工作。組織實施國家統一的會計制度；監督和規范會計行為；負責全市會計人員管理，推進會計人才隊伍建設，按規定承擔會計專業技術資格管理工作；牽頭組織行政事業單位內部控制制度管理；指導和推廣實施會計信息化標準；指導和監督代理記賬機構業務工作。
（九）財政監督科（績效管理科）。研究建立全方位、全過程、全覆蓋的預算績效管理體系；擬訂預算績效管理政策、制度和實施辦法；組織開展市級財政資金預算績效目標管理、績效運行監控、績效評價等工作；組織和指導市級部門（單位）開展預算績效管理工作；指導鎮（園區、街道）開展預算績效管理工作；擬訂財政監督檢查政策制度；牽頭組織財政監督檢查工作；承擔財稅法律法規、規章及政策執行情況、預算管理有關監督工作；承擔局機關及所屬事業單位內部監督和審計工作；承擔會計信息質量監督工作；牽頭局機關內部控制制度建設。
（十）政府采購管理科。負責擬訂政府采購政策規定；研究提出政府采購預算管理政策；管理和監督政府采購活動；調整市級政府集中采購目錄、政府采購限額標準及公開招標數額標準；組織擬訂政府購買服務政策；對全市政府采購工作進行指導和信息統計分析；組織政府采購人員的培訓；處理政府采購中的投訴事宜；協助上級機關對政府采購代理機構實施監督檢查。
（十一）基本建設科。承擔財政投資項目基本建設財務管理。負責財政性投資建設項目估算、概算、預算的評估和審核；參與制訂財政投資項目基本建設財務管理制度及政府投資項目財政評審相關管理制度；參與對政府投資建設項目跟蹤管理工作；負責對財政投資建設項目的年度財務決算按審計結果進行批復，并提出處置意見。
（十二）稅政法規科。貫徹落實國家稅收政策法規，在權限范圍內研究提出稅收政策調整建議；研究提出稅制改革、稅目稅率調整、減免稅等建議；分析評估稅收政策執行情況；組織開展稅源調查工作；監督稅收法規和政策的執行；組織起草地方性財稅規范性文件；承擔重大財政政策、規范性文件和具體行政行為的合法性審查工作；承擔國家賠償費用管理工作；負責財政行政執法工作；組織、監督、協調行政處罰、行政復議、行政訴訟等有關工作；承擔財政法治宣傳教育工作；組織、監督、協調行政許可、行政審批有關工作。
（十三）債務管理科（國有企業監督管理科）。擬訂全市政府債務管理的政策措施并組織實施，承擔政府債務余額限額管理和預算管理工作；承擔全市債務風險預警管理、市本級部門單位債務和或有債務管理等工作；組織開展地方政府債券發行相關工作，做好地方政府債券轉貸、還本付息及資金使用監管工作；承擔全市政府隱性債務管理相關工作；負責市本級國有公司政府隱性債務管理工作；貫徹執行國家關于外債管理的政策法規，參與市利用國外貸款的有關工作；承擔市政府性債務管理領導小組辦公室的日常工作;貫徹落實國家和省企業改革政策，研究提出國有企業改革、國有經濟布局和結構戰略性調整、完善國有資產監管的政策建議；研究建立國有資本運作制度，組織指導國有資本投資、運營公司開展國有資本運營，推動國有資本保值增值;指導所監管企業布局和結構調整；審核所監管企業的發展戰略和規劃，對所監管企業重大投資進行監管；指導國有企業的現代企業制度建設；擬訂所監管企業合并、股份制改造、上市、合資等重組方案；提出所監管企業國有資本投資公司、運營公司的改組和組建方案；承辦所出資的國有獨資公司章程的審核工作；指導所監管企業建立健全會計和財務管理制度；綜合研究國有經濟和所監管企業的運行狀況；承擔所監管企業清產核資和資產損失核銷工作；指導所監管企業風險管控；組織做好所監管企業內部審計工作；承擔企業國有資產統計分析工作；分類完善所監管企業負責人經營業績考核制度；對所監管企業負責人進行年度和任期經營業績考核，并做好考核結果的應用；規范所監管企業工資分配管理，調控所監管企業工資分配水平，提出企業負責人薪酬制度和激勵辦法并組織實施；規范所監管企業負責人履職待遇、業務支出和職工福利保障；提出國有企業收入分配制度改革的指導意見；組織所監管企業上交國有資本收益；承擔擬訂國有資本經營預算有關制度的工作；承辦國有資本預決算編制、執行的有關工作;研究提出完善國有產權管理的意見，承擔所監管企業產權登記、轉讓、劃轉、處置等工作；承擔所監管企業資產評估項目的核準和備案工作；審核所監管企業的資本金變動、股權管理及發債方案；監督、規范企業國有產權交易；指導所監管企業對所從事的金融業務加強管理；組織指導有關投資基金的設立和運作;分類處置、督辦和核查在巡察、審計和監督檢查中發現移交的問題，對共性問題開展專項核查，組織國有資產重大損失調查，提出有關責任追究的意見建議并督促整改；指導監督鎮（園區）國有資產監管工作;承擔全市政府與社會資本合作相關管理工作。
（十四）資產管理科。擬訂行政事業單位國有資產管理辦法；組織市級行政事業單位經營性國有資產集中統一監管工作，盤活、處置政府閑置資產；牽頭編制政府資產報告和行政事業單位資產年報；負責市直行政事業單位資產處置的日常審核、審批；擬訂行政事業單位資產配置標準；完善資產管理信息系統；負責市直公物倉資產的日常管理；負責定點評估、拍賣機構監管。
機關黨總支。負責機關及所屬事業單位的黨的建設工作。